马寅初十几岁时，维新之风吹到家乡。他受维新思潮的影响渴望外出读书。1901年秋，20岁的马寅初以优异成绩考入天津北洋大学矿冶系。1906年秋，他进入美国耶鲁大学矿冶系学习，后入哥伦比亚大学改学经济学专业。
当时，留美的中国学生获取学位的“窍门”是写论文时选择导师不熟悉的有关中国问题。马寅初在哥伦比亚大学做博士论文时，却把“纽约市财政”作为题目。他对纽约进行了详实的调查后，高质量地完成了论文，此文还被哥伦比亚大学选为教材。
马寅初回国后，应邀到北京大学担任经济学教授。30年代前期，他又担任南京中央大学经济系教授兼系主任。为了显示“礼贤下士”，蒋介石请马寅初担任立法院的财政、经济委员会委员长，实际上就是南京政府的最高经济顾问，参与经济政策的制定。
面对千疮百孔的民族经济，马寅初一直在寻求救国良策。抗战初期，马寅初满怀救国激情在重庆参与整顿经济。然而，以蒋、宋、孔、陈四大家族为首的官僚买办资本借抗战名义聚民财入私囊。马寅初见此怒不可遏，在立法院提出向发国难财者征收“临时财产税”的议案。此论一出，各界轰动。他还在演讲中直斥蒋介石：“有人说委员长领导抗战，可以说是我国的‘民族英雄’。但是照我看，只能说是‘家族英雄’。因为他包庇他的家族亲戚，危害国家民族啊！”马寅初切身感受到国民党政府的腐败，认识到自己的强国理想不可能在这样黑暗的政权下实现。
面对民族的灾难，马寅初开始关注共产党。1939年，他同周恩来、王若飞会面，听到他们对抗战形势和中国前途的介绍，让他看到中华民族的希望。与周恩来的一席谈话，改变了马寅初的人生轨迹。后来，他回忆说：在1939年以前，我是不与共产党一起的，“自那年起直到现在，无时无刻不与共产党在一起。”
马寅初的言行，使蒋介石恼怒万分。1940年12月，马寅初被强令“外出考察”，实际上是先后被送往贵州息烽和江西上饶的集中营关押。马寅初被捕引起了各界愤慨，共产党人也组织力量进行营救。1944年，国民党在正面战场大溃败，在各界一片指责之声，蒋介石被迫恢复马寅初的自由。
新中国成立后，年近古稀的马寅初焕发了青春。1951年，他被任命为北京大学校长，一上任就马上倡导北大教师开展思想改造学习运动。对中国建设的长远规划，他也进行了深入思考。1953年，新中国首次人口普查发现全国已有6亿人，增长率又达每年2．2%。马寅初忧心忡忡地认为这将会“影响工业化”，应当实行计划生育。他在广泛调研的基础上写成提案。1957年，他把提案提交一届人大四次会议。后来，这篇提案又在《人民日报》上发表，这就是著名的《新人口论》。
对于控制人口的主张，周恩来曾表示赞成。毛泽东开始也认为有可取之处。然而翌年，国内开始搞“大跃进”，人多是大好事等错误观念一度泛滥。在康生、陈伯达的煽动下，从1958年到1959年，全国各大报刊掀起了批判马寅初的风潮，《新人口论》被说成是“马尔萨斯主义在中国的翻版”。好心的人劝他公开认个错，但马寅初坚定地说：为了坚持真理，“不怕油锅炸，即使牺牲自己的性命也在所不惜！”
“文革”期间，周恩来起草的保护名单中包括马寅初，得到毛泽东批准，这使他免遭劫难。1972年，马寅初患直肠癌后，周恩来又亲自批准为他进行手术。
1982年5月，马寅初安详长逝时，距他的百年诞辰只差一个月零十四天。这位百岁老人一生经历了清朝、民国和新中国，风风雨雨一百年。
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