至1949年，在北京大学的历任校长中，蔡元培奠基，蒋梦麟造房，胡适封顶，北大的传统绵延不断。蒋梦麟承上启下，掌校时间最长，自然功不可没。他为什么会成为北大功臣呢？这与其在北大的所作所为有关。
五四运动后，蔡元培悄然离开北大，委托蒋梦麟主持北大校务。蒋梦麟临危受命， “半年的欠款，六百饥饿教职员，三千惹祸的学生，交到我手里，叫我怎么办？”他出言谨慎，亮出低姿态，安戢人心，继续提倡民主和科学，使北大重回宁谧的书香氛围中。他认为“建设新国家于学校之中”，学生自治是必不可少的内容。让学生自治而不是“治自”，学校要依靠感情化导而不是严格的法纪，这就是蒋梦麟的办学理念。
1920年10月，蔡元培出国考察，蒋梦麟再次代理北大校务。1923年，蔡元培因事愤然辞职，蒋梦麟第三次担任代理校长职务，直到1926年“三一八惨案”爆发后，蒋梦麟被北洋军阀列入黑名单，他只好离开北大逃到上海，结束了将近七年的北大生涯。
作为蔡元培的继承人，蒋梦麟认为北大精神既是一种公共意志，又是一种学风。他认为：“社会能影响到政治，政治也能影响到社会；社会能影响到学术，学术也能影响到社会。无论哪一方面做起，都是有效的。”
他还指出：现在的问题是“许多人看见实际问题解决的困难，知道唱几句社会和学术的高调，最容易缴卷，就把学术和社会的研究，作为避世的桃源。或者钻进学术和社会的研究里面，忘了应世的目的”。结果，不是“养成万恶的政治”，就是产生“一班不切世务的迂儒”。这对学术和社会，都有害无益。
此外，蒋梦麟提出知识界参与政治不可忘记本职工作，否则就会失去自身的价值，也不可能改良政治；也不应参与维持现状的政治，不能因为参与政治而妨害学术研究。
蒋梦麟在北大经历了北洋政府、国民政府(初期)和抗日战争三个时期，每个时期又恰好七年左右。1930年底，国民政府为了振兴北大，任命蒋梦麟为北京大学校长，他明确提出“教授治学，学生求学，职员治事，校长治校”的方针，将教政分开。实行教授专任制度，提高专任教授的薪酬待遇。蒋梦麟用人不拘一格。钱穆没有学历，他聘其为北大教授。他有魄力，有担当，勇于承担辞退旧人这一得罪人的事情。这除了职责之外，还与他的人格追求有关。因为他“以儒立身，以道处世，以墨治学，以西办事”。他尊重个人自由：凡个人行为之不涉及公众权益者，他绝不过问或批评；凡他的同事在分层负责的范围内所决定的事项，他从不挑剔或干预。他信服老庄的道理，对于屑细的是非之争与成亏之辨看得很淡。因此他能够超脱于复杂的人事纠纷之上。
不幸的是，就在蒋梦麟组建的“新北大”刚刚开学之际，就爆发了震惊世界的“九一八”事变。1935年11月，蒋梦麟与北平各大学校长教授联名发表宣言，斥责冀东伪政府，反对华北“自治运动”。为此日本宪兵找上门来，“请”蒋梦麟去位于东交民巷的日本兵营进行解释。蒋梦麟毫无畏惧地深入虎穴之后，一个日军大佐居然想把他挟持到大连。面对危险，蒋梦麟冷静地说：“如果你们要强迫我去，那就请便吧——我已经在你们掌握之中了。不过我劝你们不要强迫我。如果全世界人士，包括东京在内，知道日本军队绑架了北京大学的校长，那你们可就要成为笑柄了。”
在这位大义凛然的北大校长面前，无计可施的敌人只好把他放了。
抗日战争爆发后，北大、清华与南开组成国立西南联合大学。在抗战争期间，三所大学合作，为中华民族保存了文化学术的火种，谱写了弦歌不绝的佳话。这一切，如果没有蒋梦麟的努力和坚持，是不可能的。
抗日战争胜利前夕，他出任行政院秘书长，从此离开了他服务多年的北大。
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