东魏孝静帝天平初年，孙腾入朝担任尚书左仆射，并主持朝廷内外所有的大事。此时西魏进犯南兖，皇帝诏令孙腾统领诸位将领讨伐他们。孙腾生性怯懦，缺少威严谋略，结果失败而返。又拜司徒。当初北境边地战乱兴起时，孙腾丢失了一个女儿，富贵起来后，派人到处访问寻找，却没有获得线索，怀疑女儿成了他人的奴婢。孙腾担任司徒后，凡有奴婢来请求成为良人的，他并不调查真假与否，一概都免除奴婢身份，愿意免除千人的奴婢身份，希望从中找到自己的女儿。高祖入朝，有人将这一情况作了报告，听说此事，高祖极其恼怒，撤掉了他的司徒官职。调任太保。早些年，博陵人崔孝芬收养贫寒人家的贾姓女子为养女，崔孝芬死了，他的妻子元更改嫁郑伯猷，也将这个养女贾氏带到了郑家。贾氏年轻美貌，孙腾就将她娶到家来，开始是妾。其妻袁氏身亡，孙腾认为贾氏养了儿子，便扶她做了正，皇帝下诏封她为丹阳郡君，孙腾又请求朝廷将前妻袁氏的爵号回授给贾女。这类违背礼仪、放纵情欲的事还可举出一些。
孙腾早年依附齐高祖，艰辛劳苦，恭谨勤勉，很被信任。当高祖将他安插入魏朝廷后，对他寄予重望，但他得志之时，骄狂傲气，予夺由己，求财纳贿，亲近小人，聚敛财物。齐高祖曾经多次指责规劝，但他终于不能改正，因此深受朝野人士的讥讽嘲笑。武定六年四月死去，时年六十八岁。
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